Бактерия и бацилла — это синонимы? Или между ними есть какая-то разница?
Разница есть.
Бацилла — это особая разновидность бактерий, а именно — это палочковидная бактерия, способная образовывать споры (о спорах подробней: https://goo.gl/N6QoLr).
Бациллы могут образовать парные соединения — они называются ДИПЛОБАЦИЛЛАМИ (не путай с диплодоком:)
Также они могут объединяться в цепочки — это СТРЕПТОБАЦИЛЛЫ.
Примером стрептобациллы, дающей характерные и очень длинные, в виде извитых нитей, цепочки, является палочка сибирской язвы